这是五十年后的未来，世界被神吞噬殆尽而荒芜的架空故事。由于遭到突如其来的怪物荒神的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的捕食本能而无效化下，生化科技企业芬里尔成功利用荒神细胞开发出了名为神机的生物兵器。并同时组织了特殊部队GODEATER。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？竞争开始了。GODEATER的任务是把靠近地下居住区的荒神击退，并且把荒神的核心和素材带回。在这样的背景下，玩家将会扮演一名神机使，开始了与死亡擦身而过的每一天。