已经迎来了宇宙开拓时代的人类，组成了为开采在宇宙行星的资源进行支援的战斗组织。『超级银河—大怪兽乱斗』正是以的宇宙运输船船员们而展开的故事。他们更改了当初的航行计划，并驶向了宇宙的边境行星——波利斯。正是因为来自波利斯的定期联络突然被中止。而原因却不明……不久到达波利斯的4名队员，等待着他们的却是波利斯已被荒废的惨状。4人正准备调查此事时，面前出现了巨大的身影……那是以前在地球出现过，但是大部分人认定现在已经灭亡了的怪兽！！！就在同一时刻出现了能够驾驭怪兽的青年——（レイ）零他到底是什么人？想象一下！激烈程度达到顶点的战斗就要开始了──！